日本全国の植物を網羅した図鑑がまもなく完成しようとしていた。しかし、未だに出版社が見つからず、万太郎（神木隆之介）は、図鑑が本当に必要とされるのかと自信を失ってしまう。
そんなとき、虎鉄（濱田龍臣）は、きっと何百年もの間価値を持ち続けるものだと万太郎を励ましていた。
一方、寿恵子は待合茶屋を切り盛りし、竹雄と綾は屋台を立ち上げてから５年が経ち、それぞれの人生が新たな方向に進展した。農科大学で酵母菌の研究に没頭する藤丸は、その成果を誇らしげに竹雄と綾に報告。
ある日、万太郎のもとに、南方熊楠から送られた標本が届く。
熊楠はこの標本が新種かどうかを検証してほしいと願っていた。虎鉄は熊楠の情熱に対して苦手意識を抱きつつも、万太郎は熊楠との対面を熱望していた。
熊楠から送られてきた標本の中には、120年に一度しか咲かないと言われているハチクの花の標本も含まれていた。
そして、翌年、日露戦争が勃発し、渋谷は電車の開通により交通の要所として発展を遂げ、寿恵子の店はますます賑わうようになっていく。
その一方、植物学教室にも熊楠から手紙が届き、これが徳永（田中哲司）によって万太郎に伝えられた。
徳永から、神社合祀令に反対している熊楠が深入りしないよう警告された万太郎だったが、野宮（亀田佳明）から神社の森の悲惨な現状を伝える手紙が届き、万太郎は何とかしなければ！と感じる。
寿恵子の方は、店に逸馬（宮野真守）が訪れ、彼は資産家の青年・永守徹（中川大志）を万太郎に紹介しつぃと告げる。
永守は、万太郎の図鑑の出版や標本の保存に投資したいと申し出、季節は夏から秋へと移り変わっていくなか、竹雄、綾、藤丸は酒蔵を買い取り、沼津へと移る決意を固め、万太郎も新たな道を歩み始め始めるのだった。
熊楠はこの標本が新種かどうかを検証してほしいと願っていた。虎鉄は熊楠の情熱に対して苦手意識を抱きつつも、万太郎は熊楠との対面を熱望していた。
熊楠から送られてきた標本の中には、120年に一度しか咲かないと言われているハチクの花の標本も含まれていた。
そして、翌年、日露戦争が勃発し、渋谷は電車の開通により交通の要所として発展を遂げ、寿恵子の店はますます賑わうようになっていく。
その一方、植物学教室にも熊楠から手紙が届き、これが徳永（田中哲司）によって万太郎に伝えられた。
徳永から、神社合祀令に反対している熊楠が深入りしないよう警告された万太郎だったが、野宮（亀田佳明）から神社の森の悲惨な現状を伝える手紙が届き、万太郎は何とかしなければ！と感じる。
寿恵子の方は、店に逸馬（宮野真守）が訪れ、彼は資産家の青年・永守徹（中川大志）を万太郎に紹介しつぃと告げる。
永守は、万太郎の図鑑の出版や標本の保存に投資したいと申し出、季節は夏から秋へと移り変わっていくなか、竹雄、綾、藤丸は酒蔵を買い取り、沼津へと移る決意を固め、万太郎も新たな道を歩み始め始めるのだった。
爺さん頑張ってます！
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